TP1:Relation de parenté entre les vertébrés
Objectifs de connaissances : comprendre les principes d'établissement des relations de parenté entre les êtres vivants à partir de données anatomiques, et morphologiques. Déterminer la place de l'homme parmi les vertébrés.
Objectifs méthodologiques : Utilisation du logiciel phylogène, construire un arbre phylogénétique simple.

La classification systématique répartit les vertébrés en différentes catégories en fonction de critères anatomiques, mais non en fonction de critères phylogénétiques.

Quelles sont les relations phylogénétiques entre les différents vertébrés ?
Quels critères utiliser pour établir cette phylogénie ?

Pour pouvoir préciser des relations de parentés entre des organismes, il faut :
-Sélectionner les taxons (ensemble d'espèces) sur lesquels on veut travailler.
-Comparer les données relatives à ces organismes de façon à dégager des critères pertinents de comparaison.
-Appliquer une méthode de traitement des données qui permette d’établir des relations de parenté (ici, c’est la méthode cladistique qui sera utilisée).
Pour appliquer la méthode, on utilisera le logiciel "phylogène" dans lequel figurent un certain nombre de taxons. 
I.	Comparaison de caractères anatomiques : le membre locomoteur
Cliquer sur :
Fichier-Ouvrir-Fichiers d'images-Vertebrs.phg-Ouvrir
Cliquez sur une image
Puis cliquez sur données et choisissez anatomiques
Puis cliquez sur données disponibles et choisissez organes locomoteurs
Passez en revue l'ensemble des animaux disponibles, en observant attentivement la structure et l'organisation de ces membres.

1-Relever les différents types d'organisation du membre.
2-A partir des données relatives aux formes fossiles des vertébrés, dans quel type de caractère peut-on classer le membre chiridien (ancestral ou dérivé). Justifiez votre réponse.
II.	Application de la méthode cladistique : un cas simple
On va maintenant utiliser le logiciel pour établir la phylogénie.
Cliquez sur :
Construire – Afficher la planche des espèces (en cliquant sur l’icône correspondante, à droite du bandeau de défilement des taxons) – Cliquer sur les icônes des organismes sélectionnés - OK
Proposition de sélection de taxons : Crapaud-Cheval– Crocodile – Requin
Sélectionner les caractères dans le menu déroulant :
Proposition de caractères : amnios - placenta - doigts
3-Compléter la matrice en choisissant dans chaque case la forme du caractère correspondant (aidez-vous des schémas qui apparaissent à l'écran). 
Lorsque le tableau est terminé, cliquez sur vérifier.
Le cas échéant, corrigez vos erreurs et revérifiez.
4-Utilisez la fonction grouper afin de déterminer l'ordre chronologique probable d'apparition des caractères dérivés. (cliquez sur les caractères dans l'ordre présumé de leur apparition) Pour cela vous devez utiliser le principe de parcimonie impliquant qu'une innovation n'apparaisse qu'une fois. 
5-Cliquer sur arbre, et construisez l'arbre phylogénétique correspondant à la matrice et aux données déduites du classement. (Pour activer la fonction arbre, il faut cliquer dans la fenêtre sup. avec la touche droite de la souris) Utiliser les outils à droite et cliquer sur les caractères pour corriger votre arbre.
III.	Application de la méthode cladistique : un cas plus complexe
Tracez l'arbre phylogénétique correspondant aux vertébrés :
Homme-Chimpanzé-Kangourou-Lézard-Sardine-Mésange-Archeoptérix-Grenouille
Et les caractères :
Os marsupial-placenta-amnios-fenetre temporale-plume-doigt-poumons fonctionnels

IV.	Exercice d'évaluation :
Sur l'arbre phylogénétique suivant, justifier chaque nœud en plaçant les innovations évolutives correspondantes. Un clade ou groupe monophylétique, regroupe tous les taxons qui partagent une même innovation évolutive et leur ancêtre commun.
Faire apparaître les différents clades présents sur l'arbre et les identifier.